El corto comienza en un espeso y oscuro bosque tropical en algún lugar de América del Sur. Unos cuantos Mankey corren entre los árboles mientras que un grupo de científicos vestidos con ropa para explorar camina debajo de los Mankey. Mew pasa volando encima de ellos y llega hasta una hoja grande con un hoyo y desde allí observa. Los científicos no tienen ni la menor idea que están siendo observados por Mew. El líder de los científicos explica a los demás que hoy van a llegar a un sitio arqueológico donde una civilización antigua le construyó un santuario a Mew, el Pokémon más raro y poderoso en la historia y que se cree que está extinto. Cuando pasan donde está Mew, éste los sigue a escondidas. Vuela a través de una parvada de Butterfree y continúa siguiendo a los científicos. El científico explica que cuando Giovanni, el líder del Equipo Rocket, escuchó de su trabajo en clonación, aceptó financiar sus investigaciones pero con la condición de que creara una replica viviente de Mew. El científico estuvo de acuerdo pues Giovanni solo quería controlar al Pokémon más poderoso del mundo, el científico, sin embargo, quería algo más.
El grupo de científicos llega al sitio para descubrir que el santuario está allí. Toman algunas fotos antes de entrar al santuario y cuando entran, lo primero que ven es un mosaico con la imagen de Mew. Repentinamente, la sombra de Mew aparece en la pared y para cuando los científicos voltean éste ya se fue. Luego se ve que los científicos entran a su tienda de campaña. El científico líder explica que su equipo ha descubierto lo que parece ser un fósil de Mew, y ruega por que sea auténtico. Si lo fuera, él podría ser capaz de crear el Pokémon más poderoso en la historia e incluso podría descubrir el secreto para regresar la vida. Mew se asoma dentro de la tienda y después se va hacia una gran montaña del otro lado del bosque. Luego vemos a los científicos en su laboratorio, hacienda muchos experimentos y pruebas genéticas. La escena acaba con un monitor del ADN, seguido de un tubo lleno de un líquido.
Un Mewtwo joven despierta en un lugar oscuro. Se pregunta quién es él, qué es él y dónde está. Luego se ve a los científicos mirándolo del otro lado del tubo. Uno de ellos explica que Mewtwo es como los demás clones, los cuales eran inconscientes. Mewtwo percibe que hay otros cerca de él pero no sabe qué son los ruidos que están haciendo. Entonces escucha la voz de una pequeña niña. Ella le dice que esas son palabras y que están hablando. Mewtwo pregunta quién es ella y una niña pequeña se materializa a su lado. Ella le dice que ella es una persona. Mewtwo pregunta si él es una persona. Ella le explica que se parece a un Pokémon, pero que puede hablar, y que ella no sabía de ningún Pokémon que hablara como humano. Mewtwo se confunde y pregunta si es una persona o un Pokémon y le responde que eso no le importaba a ella. Luego ella le dice que como está allí, el debe ser como todos los demás y un Bulbasaur, un Charmander y un Squirtle aparecen. De regreso en el laboratorio, los científicos observan la pantalla. El científico líder pregunta qué es lo que está pasando y una científica explica que Mewtwo parece estarse comunicando con los otros. La escena vuelve a los clones. La niña explica que todos ellos son copias y que era por eso que tenían 2s al final de sus nombres. Mewtwo le pregunta a que es lo que se refiere y ella le explica que la llaman Ambertwo, pero que ella en realidad era Amber. Mientras explica esto ella flota alrededor en forma de círculo.
En el laboratorio, el científico líder observa al tubo que contiene a Ambertwo, quien es nada más una luz roja. Él ruega que sus teorías sobre clonación sean correctas para que pueda ver a su pequeña hija sonreír otra vez. Entonces se recuerda a sí mismo en su laboratorio subterráneo. Su esposa aparece arriba de las escaleras. Él le dice que Amber vive dentro del tubo y, que si sus teorías son correctas, podría tenerla de vuelta muy pronto. Su esposa le grita preguntándole por qué tiene que hacer esto. Ella le dice que su hija ya se ha ido y que él necesita aceptarlo. Él se niega. La siguiente escena muestra una nota dejada en la mesa con un anillo de bodas y las llaves de un carro encima. La nota es de su esposa. Ésta explica que ella amaba a su hija tanto como él la amó, pero que nadie la podía traer de vuelta y que ella no podía soportar verlo tratar. La nota termina con un adiós. Luego vemos al científico muy deprimido en su laboratorio. Se levanta y pone la mano en el tubo, diciendo que hará lo que sea para traer de vuelta a Amber.
De regreso a la realidad, el científico líder pregunta cómo van los clones mientras caminan por un pasillo. El otro científico explica que van bien y que Mewtwo se pone más fuerte cada día por lo que alguno está destinado a sobrevivir. Los científicos entran a la sala de clonación. El científico líder les informa que Giovanni podría tener al Pokémon más poderoso del mundo muy pronto, pero que él conseguiría algo más… el conocimiento de cómo recrear la vida. Luego él usaría ese conocimiento para traer a Amber de vuelta.
La escena vuelve a los clones. Ambertwo ha llevado a los clones a un pequeño barrio que ella llama su lugar de recuerdos pues ella solía vivir allí. Mewtwo voltea a ver el sol y pregunta qué es lo que es. Ella le responde que es el sol y que ilumina el mundo durante el día. Luego vuelan un poco más y una ligera brisa sopla. Mewtwo pregunta una vez más qué es lo que es. Ambertwo le explica que es el viento y que a veces es suave y a veces muy fuerte. El sol empieza a ponerse y ella le dice que es el atardecer. Le explica que es cuando el sol dice adios. Luego la luna aparece y Mewtwo pregunta si esa es el sol. Ella le dice que es la luna y que todas las pequeñas cosas brillantes son las estrellas. Ellas brillan para que la gente no se sienta sola de noche. Repentinamente, Charmandertwo empieza a brillar y desaparece. Los científicos se dan cuenta que están perdiendo lectura de los clones. Squirtletwo y Bulbasaurtwo también desaparecen. Luego Amber también comienza a brillar. Mewtwo pregunta a donde se fueron todos.
Los científicos le dicen al científico líder que también están perdiendo a Amber. Mewtwo le pregunta a Amber que qué estaba pasando y ella le responde que parece que es hora de decir adiós. Él siente algo en sus ojos, lo toca con sus dedos y ve lágrimas. Pregunta qué es lo que son y ella responde que son lágrimas y que él estaba llorando. Ella le cuenta que su papá solía contarle una historia para dormir que cuando los Pokémon se ponen tristes, lloran y que sus lágrimas brindan vida. Entonces le dice que ella se tiene que ir pero que no debe estar triste. Le dice que no debe llorar porque está vivo y la vida es maravillosa… luego ella desaparece. Mewtwo le pide que vuelva. Entonces los científicos ven que sus ondas cerebrales aumentan. El científico líder les dice que Mewtwo no debe recordar nada de esto. Ellos le administran 100 unidades de suero y las ondas cerebrales de Mewtwo vuelven a la normalidad. Los científicos dicen que todo está bien otra vez pero el científico líder dice que nada está bien. Él ha perdido a su hija para siempre y sólo Mewtwo sobrevive. Luego se ve a Mewtwo otra vez en el mismo lugar oscuro. Él está creciendo poco a poco de niño a adulto. Mientras que crece, él dice que siente que ha dormido desde siempre, pero que recuerda que alguien le dijo que la vida es maravillosa… pero ¿por qué?
